遺伝子発現解析用プロトコル

遺伝子発現解析用のDNAチップにおいて、検出のプロトコルは初期のころから用いられてきたcDNA法とRNAを増幅するaRNA法に分けられます。3D-Gene®を始めとして現在ほとんどのDNAチップではaRNA法が用いられています。

cDNA法

cDNA法

mRNAを逆転写反応して得られたcDNAをそのままハイブリダイゼーション用のサンプルとする方法です。

長所
mRNA分子の組成比を忠実に反映
短所
RT-PCR法など他の実験手法とのデータの相関が低い。サンプル量が多量に必要。

aRNA法(3D-Gene®)

aRNA法

mRNAの逆転写とinvitro転写反応を組み合わせたRNA増幅を含むサンプル調整方法です。

長所
微量のRNAで実験可能
検出レンジが広く、RT-PCRとの高い相関
短所
ステップ数が多く、操作が長時間となる。