解析例・応用例

解析例

イヌ、ブタの脳あるいは肝臓において特異的に発現するmiRNAの検討

アノテーション情報からイヌとブタで共通のmiRNAを選択し、脳と肝臓の発現比(Log2Ratio)を算出し、イヌをX軸、ブタをY軸としてスキャッタープロット図を作成しています。
Log2Ratioのイヌ-ブタ間での相関係数は0.734と高く、またイヌ、ブタ両サンプルにおいてmiR-128が脳で特異的に発現が高く、miR-148aが肝臓で特異的に発現が高いことが示されました。これらのmiRNAの特異性については他の生物種についても、以下の論文で示されています。

mir-128 マウスにおいて特異的に脳に発現
Lin Q et.al. Nat Neurosci. 2011 Aug 14;14(9):1115-7.
mir-148a マウスにおいて特異的に肝臓に発現
Gailhouste L et.al. Hepatology. 2013 Sep;58(3):1153-65.

脳/肝臓(Log2Ratio)

イヌとブタにおける脳/肝臓の発現比(Log2Ratio)スキャッタープロット図

組織間(脳/肝臓)、種間(イヌ/ブタ)のmiRNA発現プロファイル比較の検討

解析例1と同様にアノテーション情報からイヌとブタで共通のmiRNAを選択し、各サンプルの発現プロファイルを利用してクラスター解析を実施した図です。
その結果、同一種間よりも同一組織間でのデータ相関が高いことが示されました。

イヌ、ブタの肝臓、脳サンプルのmiRNA発現プロファイルのクラスター解析結果

上記2例の解析結果から、4 animals miRNA Oligo chip はサンプルにおけるmiRNAの特徴的な発現を見出すことが可能であり、サンプル間での発現プロファイルを正確に解析することができるといえます。

4-animal miRNA Oligo chipの応用例

  • 医薬品の薬効、安全性、薬物動態の解析など臨床研究に貢献できるmiRNAの探索
  • 病態予測、薬剤ターゲット探索などのバイオマーカーの研究
  • イヌ:循環器、呼吸器、消化器、泌尿器系疾患や外科手術、移植の動物モデル
  • ブタ:免疫系疾患、再生医療などの動物モデル
  • サル:ALSなどの神経系疾患の動物モデル
  • ゼブラフィッシュ: 発生学、遺伝学の動物モデル

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