4 animals miRNA Oligo chip

microRNA(miRNA)の網羅的な解析を可能に

microRNA(miRNA)の網羅的な解析を可能に

検出プローブ

3D-Gene® 4 animals miRNA Oligo chip は、1381種類のプローブを有しており、 miRBase Rel. 20のイヌ、ブタ、サル、ゼブラフィッシュ の miRNAを網羅しています。また、miRNAは動物種間での配列の相同性が高いことが知られています。

動物種間で同一の配列を有するプローブは 同一スポットとしてチップ上に搭載されており、また一箇所でも配列が異なるmiRNAは独立のスポットとして搭載されています。

各動物種のプローブ数

動物種 コード 一般名 プローブ数
Canis familiaris cfa イヌ 291
Sus scrofa ssc ブタ 322
Macaca mulatta mml サル 906
Danio rerio dre ゼブラフィッシュ 254

let-7 ファミリーの配列

イヌ,ブタ,サル,ゼブラフィッシュ, ヒト:  let-7a  UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU
イヌ,サル,ゼブラフィッシュ, ヒト:  let-7b UGAGGUAGUAGGUUGUGUGGUU
イヌ,ブタ,サル,ゼブラフィッシュ, ヒト:  let-7c UGAGGUAGUAGGUUGUAUGGUU
ブタ,サル, ヒト:  let-7d  AGAGGUAGUAGGUUGCAUAGUU
イヌ,ブタ,サル, ヒト:  let-7e UGAGGUAGGAGGUUGUAUAGUU
イヌ,ブタ,サル,ゼブラフィッシュ, ヒト:  let-7f UGAGGUAGUAGAUUGUAUAGUU
サル, ヒト:  let-7i UGAGGUAGUAGUUUGUGCUGUU

赤字部分がlet-7aに対して配列が違う箇所

高感度、高再現性

3D-Gene® は、①樹脂基板による自家蛍光(ノイズ)の低減、②高純度、高密度のプローブ搭載、③ビーズ撹拌によるハイブリダイゼーション効率の向上 の3つの技術により、感度は従来品の約100倍を実現し、低発現遺伝子の検出や、再現性の高いデータ取得を可能にしています。

miRNA発現データの再現性

(検出率 %)

検出miRNA数 イヌ肝臓 イヌ脳 ブタ肝臓 ブタ脳
実験 1 162 (55.7%) 201 (69.1%) 193 (59.9%) 211 (65.5%)
実験 2 184 (63.2%) 218 (74.9%) 207 (64.3%) 211 (65.5%)
相関係数 0.9987 0.9899 0.9987 0.9992
  • イヌ肝臓
  • イヌ脳
  • ブタ肝臓
  • ブタ脳

(図)miRNA発現の再現性

イヌ、ブタの組織(肝臓、脳)から得られた250ngのTotal RNAを使用して3D-Gene® 4 animals miRNA Oligo chipで実験を行いました。4種のサンプルに対して、各2回の実験を行い、データを補正し、評価を行いました。検出されたmiRNA数、検出率、実験間の相関係数を評価しました。結果、スキャッタープロット図は各サンプルにおける2回の実験間の相関を示しており、全てのサンプルで2回の実験間の相関性、再現性が非常に高いことが示されました。

製品リスト

カタログ番号 製品名 説明
TRT-XR541 4 animals miRNA Oligo chip -4plex (2) 4 animals miRNAチップセット(2キット)ver.20
TRT-XR542 4 animals miRNA Oligo chip -4plex (5) 4 animals miRNAチップセット(5キット)ver.20

※ このサイトに掲載している製品写真は日本で販売しているタイプのものです。