ビーズ撹拌

一般的なDNAチップではハイブリダイゼーション液中の核酸の拡散が遅く、プローブとターゲットの十分な反応が期待できません。一方、3D-Gene®では反応槽内にハイブリダイゼーション溶液と共にマイクロビーズを封入してチップを振盪します。これにより、積極的に溶液の攪拌を行うことができ、静置した場合に比べて反応性が格段に向上します（図A）。ハイブリ実験の結果でも、攪拌しないときに比べ、有効スポット（有意にバックグラウンドノイズと区別できるスポット）が約2000増加していることがわかっています（図B）。
ビーズを用いてダイナミックに溶液を攪拌しますが、平板DNAチップで同様にビーズ攪拌を行うと、プローブ面を傷つけてしまいます。3D-Gene®は基板の柱状構造の上端にプローブが固定されており、ビーズによってプローブが傷つけられることはありません。